人理续存保障机构·迦勒底，对于仅凭魔术无法看见的世界，仅凭科学无法计算的世界进行观测，为了让已被证明会灭亡于2017年的人类史存续下去，日夜持续着活动。人类灭亡的原因，是在历史上数个地点突然出现的“无法观测领域”——“特异点”。迦勒底唯一残存的御主·藤丸立香，与亚从者玛修·基列莱特一同介入这些特异点的事象，从而执行将其解明或破坏的禁断仪式——“圣杯探索 Grand Order”。这一次新发现的是第七个特异点——纪元前2655年的古代美索不达米亚。 由结束了不老不死灵草的探索的“天之楔·贤王吉尔伽美什”所统治，以繁荣而自豪的乌鲁克之地，在三柱女神及众多魔兽的蹂躏下面临灭亡的危机。 以及，通过前往过去的时间旅行——“灵子转移”而到达乌鲁克之地的藤..
