总人口达230万人，位于东京西部的巨大都市在人口约8成是学生而因此被称作“学园都市”的这座都市中，实施着引发扭曲世界法则的超常现象之力——超能力的开发。 　　接受特殊的课程Curriculum、获得能力的学生们，经由定期的“身体检查System Scan”，得到从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的6阶段评价。 　　而立于其顶点、被赞誉为最强的，则是7名“超能力者”。 　　其中之一的御坂美琴。 　　自由操纵电力的“电击使Electromaster”最上位能力者，别名“超电磁炮Railgun”的她，是就读于名门贵族女校·常盘台中学的14岁女子中学生。