父母亲突然的过世，而变得孤独一人的少女玛丽被姑丈阿齐博尔德领养而带到克莱文家的宅邸在那里有被墙壁包围起来的庭园，但那里被告知是被禁止进入了，可是受不了诱惑的玛丽兴起了很想进去的好奇心。在那之后却好不容易在一只红色知更鸟的帮助下，让她找到禁止进入的庭园入口钥匙。她打开门进去后发现那里一片荒芜，但这却让她打算复苏阿齐博尔德过世的妻子（玛丽的姑姑）生前所照顾过而现在被荒废的秘密花园。在她开始努力不久后，她遇见关闭心灵、对什么事情都自暴自弃的阿齐博尔德的儿子柯林，玛丽她开始用她的真心治愈住在宅邸里的人们的心。